Thuế khoán chấm dứt từ 01/01/2026: phòng khám cần làm gì?

Bỏ thuế khoán áp dụng với ai?

Khoản 6 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15 quy định hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không áp dụng phương pháp khoán thuế từ ngày 01/01/2026. Vì vậy, phòng khám đăng ký theo mô hình hộ kinh doanh cần rà soát cách xác định doanh thu, khai và nộp thuế theo cơ chế áp dụng cho mình.

Phòng khám tổ chức dưới hình thức doanh nghiệp không chuyển từ thuế khoán theo quy định này. Doanh nghiệp tiếp tục thực hiện nghĩa vụ kế toán, hóa đơn và thuế theo loại hình, quy mô và hoạt động thực tế. Bỏ phương pháp khoán cũng không đồng nghĩa mọi hộ kinh doanh bắt buộc chuyển thành công ty.

Cùng nghị quyết, khoản 7 Điều 10 chấm dứt thu, nộp lệ phí môn bài từ 01/01/2026. Các nghĩa vụ thuế khác vẫn phải xác định riêng.

Dùng quy định năm 2026, không dùng lại ngưỡng cũ

Nghị định 68/2026/NĐ-CP quy định chính sách thuế và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh. Sau đó, Nghị định 141/2026/NĐ-CP sửa nhiều ngưỡng doanh thu từ 500 triệu đồng thành 1 tỷ đồng và có hiệu lực từ 01/01/2026.

Trong phạm vi chính sách này, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu năm từ 1 tỷ đồng trở xuống thuộc diện không chịu thuế GTGT theo ngưỡng doanh thu; cá nhân kinh doanh cư trú có doanh thu năm từ 1 tỷ đồng trở xuống không phải nộp thuế TNCN từ kinh doanh. Trên ngưỡng này, cần xác định phương pháp và căn cứ tính thuế phù hợp, đồng thời xét quy định riêng của hàng hóa, dịch vụ.

Tách thuế GTGT khỏi thuế thu nhập

Điểm a khoản 10 Điều 5 Luật Thuế GTGT, được thể hiện tại Văn bản hợp nhất 114/VBHN-VPQH, quy định nhóm dịch vụ y tế, trong đó có khám bệnh, chữa bệnh và phòng bệnh cho người, thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Phòng khám cần phân loại đúng từng khoản thu theo bản chất dịch vụ, phạm vi được phép và hồ sơ thực tế. Không nên gắn một tỷ lệ thuế chung cho toàn bộ doanh thu chỉ vì tên cơ sở có chữ “nha khoa”; việc bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ khác cần được xem xét riêng.

Không chịu thuế GTGT khác với thuế suất 0%, và không loại trừ nghĩa vụ thuế thu nhập khi phát sinh theo quy định. Cách tính TNCN của cá nhân kinh doanh và thuế TNDN của doanh nghiệp là hai cơ chế khác nhau.

Hóa đơn điện tử cần gắn với quy trình thu tiền

Nghị định 254/2026/NĐ-CP, có hiệu lực từ 01/07/2026, là căn cứ hiện hành cần đối chiếu về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử. Hướng dẫn của Cục Thuế nêu nhóm hộ, cá nhân kinh doanh có doanh thu năm trên 1 tỷ đồng thuộc diện áp dụng hóa đơn điện tử theo quy định; trường hợp khác phải xét điều kiện, nhu cầu và loại giao dịch cụ thể.

Phòng khám nên rà soát đăng ký sử dụng hóa đơn, loại hóa đơn, thông tin người bán và phân công người lập. Với điều trị kéo dài nhiều buổi, khoản thu trước, hoàn tiền hoặc điều chỉnh dịch vụ, cần thống nhất cách xử lý với người phụ trách thuế theo đúng thời điểm lập hóa đơn của từng trường hợp. Không chờ đến lúc khách yêu cầu mới xem xét nghĩa vụ lập hóa đơn.

Năm việc chủ phòng khám nên tổ chức ngay

1. Xác định đúng chủ thể nộp thuế. Kiểm tra đăng ký hộ kinh doanh hoặc doanh nghiệp, mã số thuế, địa điểm hoạt động và người chịu trách nhiệm khai nộp.
2. Lập danh mục nguồn thu. Tách thu điều trị, bán hàng, khoản nhận trước, khoản hoàn và các nguồn thu khác. Ghi rõ nội dung giao dịch để người phụ trách kế toán phân loại đúng.
3. Đối chiếu dữ liệu. Kết nối sổ thu, phần mềm phòng khám, hóa đơn, tiền mặt, chuyển khoản và công nợ. Điều tra chênh lệch, không tự xóa hoặc bù trừ những khoản chưa rõ nguyên nhân.
4. Tách dòng tiền quản trị. Hạn chế dùng chung tiền sinh hoạt và tiền phòng khám; ghi nhận rõ khoản chủ cơ sở góp thêm, rút ra hoặc cho vay. Đây là biện pháp giúp kiểm soát, không thay thế chứng từ và nghĩa vụ thuế.
5. Chốt quy trình với người phụ trách chuyên môn thuế. Xác định phương pháp tính, kỳ khai, biểu mẫu, thời hạn và cách lưu chứng từ theo hồ sơ thực tế; phân công người kiểm tra trước khi nộp.

Điểm thay đổi quan trọng với phòng khám là chuyển từ thói quen “đóng một khoản cố định” sang quản lý dữ liệu kinh doanh có thể đối chiếu. Sổ sách rõ ngay từ từng giao dịch sẽ giúp việc kê khai và giải trình nhất quán hơn.